BMAR - Dissertações de mestrado
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- Influência de variáveis ambientais nas atividades dos golfinhos-roazes (tursiops truncatus) na região do estuário do sadoPublication . Ferreira, Joana Cristina dos Santos; Santos, Manuel Eduardo dosA população residente de golfinhos-roazes (Tursiops truncatus) do Estuário do Sado é uma das poucas comunidades estuarinas desta espécie na Europa, apresentando elevada importância ecológica e vulnerabilidade face a pressões antropogénicas. Este estudo analisou a relação entre variáveis ambientais locais e as atividades dominantes (alimentação, deslocação, socialização e repouso), visando compreender como o meio físico influencia o uso do habitat por esta população. A recolha de dados decorreu entre março e agosto de 2025, ao longo de 15 saídas de campo realizadas com a equipa da Reserva Natural do Estuário do Sado (RNES). Foram registadas 151 observações comportamentais durante 40 h 42 min de esforço de amostragem, com golfinhos presentes em 73,3% dos dias. As posições dos grupos foram georreferenciadas e associadas a variáveis ambientais processadas em QGIS, sendo a influência destas avaliadas através de uma regressão logística multinominal. A profundidade, a distância à costa e o período do dia foram as variáveis que melhor explicaram as diferenças comportamentais. A deslocação foi a atividade mais frequente (52,7%), seguida da alimentação (25,3%) e da socialização (22,0%), enquanto o repouso foi registado apenas uma vez. A socialização ocorre preferencialmente em águas mais rasas, ligeiramente afastadas da margem e durante a tarde, enquanto a deslocação se associa a zonas mais profundas, próximas da costa e durante a manhã. A alimentação não revelou associações significativas com as variáveis testadas. Os resultados evidenciam o papel da heterogeneidade ambiental na organização espacial e temporal desta população, reforçando a importância de integrar dados espaciais e comportamentais em estratégias de conservação direcionadas a populações pequenas e isoladas.
- Exploring the transcriptomic profile underlying parasitic behavior in a threatened freshwater musselPublication . Lopes, Matilde Miguel Louro; Gomes dos Santos, AndréOs mexilhões de água doce da ordem Unionida Gray, 1854, estão entre os animais mais ameaçados e possuem um estágio larval parasitário único, o glochídio. Embora existam estudos morfológicos, ecológicos e histológicos em glochídios, os mecanismos moleculares subjacentes ao seu comportamento parasita permanecem pouco conhecidos. Compreender esses mecanismos é essencial para a conservação destes mexilhões. Para colmatar esta lacuna, foi gerado e analisado o primeiro transcriptoma de glochídios de Unio delphinus, Spengler, 1793, recorrendo a sequenciação por RNA-seq. O RNA foi extraído, sequenciado, processado e alinhado ao genoma recentemente publicado da espécie e a expressão de genes foi quantificada e anotada funcionalmente. Os genes com expressão >1 TPM foram submetidos a uma análise de enriquecimento para categorias de Gene Ontology e vias KEGG. Paralelamente, foi realizada uma revisão bibliográfica para identificar genes/proteínas relacionados com parasitismo noutros taxa. Foram então comparados com os dados do transcriptoma, sendo que os mais expressos estavam maioritariamente relacionados à contração muscular, à resposta ao stress, à regulação celular e à catálise lipídica. Relativamente às proteínas relacionadas com parasitismo, presentes no transcriptoma, destacam-se a fosfolipase A2, quinases e fosfatases serina/treonina, fator von Willebrand, metaloproteases, entre outras. Comparações entre estas e estudos transcriptómicos em peixes hospedeiros sugerem paralelos moleculares. Estes resultados indicam que os glochídios de Unio delphinus poderão utilizar um repertório genético coordenado para fixação, evasão imunológica e modulação fisiológica do hospedeiro. Este trabalho fornece uma base molecular para estudos futuros e estratégias de conservação específicas.
- Oceanographic insights from Apex Predators: The MAANTA NAUTILOS Tag for dissolved oxygen monitoringPublication . Duran, Ana Margarida Geadas; Fontes, José Miguel Rodrigues; Catry, PauloOcean deoxygenation is intensifying globally, yet its effects on apex predators such as elasmobranchs remain poorly understood. Within the framework of the NAUTILOS project (New Approach to Underwater Technologies for Innovative, Low-cost Ocean Observation), we developed and validated the MAANTA tag—a non-invasive biologging tool that records high-resolution dissolved oxygen (DO), temperature, and fine-scale movement data. Extensive laboratory and in situ tests, including comparisons with calibrated conductivity–temperature–depth (CTD) instruments and modelled environmental data from CMEMS, confirmed the tag’s accuracy, although regular post-deployment calibration remains essential to minimize sensor drift. Deployment on the Chilean devil ray (Mobula tarapacana) provided the first in situ characterization of its diving behaviour in relation to DO. The species occupied well-oxygenated waters (210–230 μmol/L), tolerated a broad temperature range (9–24 °C), and showed increased vertical activity in cooler, oxygen-rich waters, consistent with diel vertical migration. Descent speeds reached up to 5.41 m/s—among the fastest recorded in marine animals. These findings demonstrate the MAANTA tag’s effectiveness for simultaneous behavioural and environmental monitoring, offering novel insights into the oxygen and thermal ecology of the Chilean devil ray supporting the conservation of this critically endangered species in an increasingly deoxygenated ocean.
- Conservation perspectives of the franciscana dolphin Pontoporia blainvillei ) in Brazilian waters. A case study of Francisca , a juvenile female undergoingPublication . Leandro, Beatriz dos Reis; Santos, Manuel Eduardo dosEnvironmental Enrichment (EE) is a dynamic process aimed at promoting animal welfare by altering and adding elements to their environment. The first part of this dissertation presents a case study of a franciscana ( Pontoporia blainvillei) undergoing rehabilitation at the R3 Animal Association, representing to date the longest recorded successful rehabilitation of this species. Zoomarine collabor ated with Yaqu Pacha and R3 Animal in the rehabilitation process by applying behavioral modification and EE techniques. An individualized EE plan was implemented with the general objective of stimulating natural behaviors, facilitating adaptation to a semi wild environment, and reducing human contact. The second part of this project describes the conservation perspectives of the franciscana. This species, classified as Vulnerable on the IUCN Red List, faces significant conservation challenges, mainly due to its high susceptibility to bycatch in gillnets, which is the primary cause of mortality and population fragmentation. Future perspectives highlight the need to imrove population monitoring, expand research on the effects of contaminants and noise on the franciscana s behavior and physiology, and develop policies that promote sustainable fishing in the species’ range and reduce anthropogenic impacts in coastal environments. The double aim of this dissertation is to deepen the understanding of franciscana c onservation and reinforce the importance of implementing EE practices in rehabilitation contexts.
- Monitorização da condição corporal das baleias-azuis do Atlântico Norte através de foto-IDPublication . Brandão, Cláudia Alexandra Cardoso; Santos, Manuel Eduardo dos; Dionísio, GiselaA baleia-azul (Balaenoptera musculus), a maior espécie de cetáceos, realiza migrações sazonais entre as zonas de reprodução e as áreas de alimentação. O arquipélago dos Açores constitui um ponto estratégico na migração do Atlântico Norte, funcionando como área de repouso e, potencialmente, alimentação. Este estudo teve como principais objetivos a criação de um catálogo de foto-identificação de baleias-azuis observadas entre 2012 e 2025 nas ilhas do Faial e do Pico, e a avaliação da condição corporal dos indivíduos através de métodos não invasivos. Foram analisadas 251 imagens de B. musculus, selecionadas com base na qualidade e no ângulo de observação, classificando-se a condição corporal numa escala de 0 (saudável) a 3 (não saudável). A maioria dos indivíduos apresentou condições corporais 0 ou 1, sugerindo um bom estado geral da população durante a passagem pelos Açores. A análise estatística não revelou diferenças significativas entre anos, mas indicou que as fêmeas acompanhadas por crias apresentaram uma condição corporal inferior. Estes resultados demonstram o potencial da foto-identificação como ferramenta de monitorização do estado físico e de apoio à conservação da espécie. Os resultados reforçam a importância dos Açores durante a migração primaveril das baleias-azuis do Atlântico Norte.
- Caracterização da microbiota gastrointestinal de delphinus delphis arrojados na costa portuguesa: influência da causa de morte e do estado de decomposiçãoPublication . Pimpão, Catarina Sofia Baptista; Robalo, Joana; Grilo, MiguelO golfinho-comum (Delphinus delphis, Linnaeus, 1758) constitui uma das espécies de cetáceos mais amplamente distribuídas e abundantes a nível global, desempenhando um papel ecológico essencial como predador de topo nos ecossistemas marinhos. Apesar da sua ampla distribuição, esta espécie enfrenta diversas pressões de origem antropogénica e ambiental, tais como capturas acidentais (bycatch), poluição química e sonora e alterações climáticas. Estas pressões podem afetar a homeostase, o estado de saúde e o equilíbrio fisiológico dos indivíduos, o que pode refletir-se na composição da microbiota gastrointestinal, considerada um indicador promissor da condição fisiológica e ecológica dos organismos marinhos. O presente estudo teve como principal objetivo caracterizar a composição e diversidade da microbiota gástrica e intestinal de D. delphis arrojados ao longo da costa portuguesa, analisando a influência de fatores biológicos e ambientais, nomeadamente a causa de morte (natural vs. antropogénica) e o estado de decomposição (carcaças frescas vs. carcaças em decomposição). A caracterização microbiana foi realizada através de uma abordagem de metabarcoding do gene ribossómico 16S (16S rRNA). Os resultados revelaram uma elevada diversidade bacteriana, com predomínio dos filos Firmicutes, Proteobacteria e Fusobacteria. Verificaram-se variações na composição e na abundância relativa das comunidades microbianas entre compartimentos e em função dos fatores analisados, embora sem diferenças estatisticamente significativas. Este trabalho constitui a primeira caracterização aprofundada da microbiota gastrointestinal de D. delphis em Portugal, contribuindo para uma melhor compreensão das interações entre ecologia, fisiologia e microbiologia em cetáceos e estabelecendo uma base de referência para futuros estudos sobre saúde e conservação da espécie.
- Preserving life in ice: Cryopreservation & its effects in aquatic models progenyPublication . Antunes, Guilherme Lopes; Robalo, JoanaCryopreservation of fish sperm is a key strategy in both biomedical research and biodiversity conservation, enabling the long-term storage of genetic resources while supporting the ethical principles of Replacement, Reduction and Refinement (3Rs). This work integrates two complementary studies to evaluate the biological consequences and cross-species applicability of sperm cryopreservation using the widely adopted ZIRC protocol. In zebrafish (Danio rerio), we compared offspring derived from fresh versus cryopreserved sperm across wild-type, mutant and transgenic reporter lines. Cryopreservation reduced fertilization success, embryo survival and increased larval malformations, with lineage-specific vulnerabilities in transgene expression. Notably, Tg(gata1:GFP) larvae exhibited impaired erythropoiesis and reduced fluorescence, suggesting inherited DNA damage and redox imbalance, while Tg(atoh7:GAP-RFP) showed milder effects and Tg(aldoca:Venus) remained resilient. These findings suggest that cryopreservation can compromise developmental processes and reporter fidelity, raising concerns for the reliability of archived transgenic resources. In parallel, we tested the protocol in giant danio (Devario aequipinnatus), a related cyprinid, to assess its transferability to other species. Fertilization rate was slightly lower, but not significant, however survival rate was lower than in zebrafish, with higher morbidity, largely influenced by parental age rather than the cryopreservation process itself. However, when compared with in vitro fertilizations performed with fresh sperm, these values did not differ significantly, suggesting that cryopreservation itself did not compromise reproductive quality. These results confirm the robustness of the protocol across cyprinids and highlight the importance of gamete quality in reproductive success. Collectively, our findings underscore the triple relevance of sperm cryopreservation: safeguarding genetically modified lines for biomedical applications and reducing the number of animals used in research while providing scalable tools for germplasm biobanking and conservation.
- Sazonalidade reprodutora e origem geográfica de tartarugas-verdes (Chelonia Mydas) na África OcidentalPublication . Diogo, Maria Rei Leal Mineiro; Catry, Paulo; Patrício, Ana RitaEste trabalho reúne dois estudos complementares sobre a ecologia e conservação das tartarugas-verdes (Chelonia mydas) na África Ocidental, com foco nas populações da Ilha de Poilão, na Guiné-Bissau e de duas áreas de alimentação no Senegal. O primeiro capítulo teve como objetivo comparar, pela primeira vez, o sucesso reprodutivo, na época seca (janeiro a março) e na época de chuva (julho a outubro), na Ilha de Poilão. Monitorizaram-se 118 ninhos na época de chuva e oito na época seca, analisando parâmetros como sucesso de desova, eclosão, emergência, tamanho das posturas e das crias, e taxa de predação. Não se verificaram diferenças significativas entre épocas, contudo, observou-se um sucesso de eclosão atipicamente baixo na época de chuva de 2024, possivelmente devido à maior inundação dos ninhos. O segundo capítulo teve como objetivo caracterizar geneticamente as tartarugas-verdes que se alimentam no Parque Nacional do Delta do Saloum e na Área Marinha Protegida de Joal-Fadiouth, no Senegal, através da análise do ADN mitocondrial (região D-loop). Foram identificados cinco haplótipos, com predominância do haplótipo CM-A8.1 (88,8%). A análise Mixed-stock analysis estimou que 80,7% das tartarugas provêm da colónia de Poilão, evidenciando uma forte conectividade migratória entre as duas áreas. Os resultados obtidos reforçam a importância da Ilha de Poilão como colónia de nidificação de relevância global e do Senegal como área chave de alimentação, fornecendo informações essenciais para a elaboração de estratégias integradas de conservação e gestão da espécie no Atlântico. Palavras-
- Understanding the thermal amelioration provided by algae cover in rocky shore habitatsPublication . Miranda, Carolina Isabel Teixeira de; Lima, FernandoIntertidal rocky shores are among the harsher and more variable habitats in the world as they lie in the interface between air and water. Temperature plays an important role in the function and structure of these ecosystems, and they are highly influenced by spatial variation at different scales. At the microhabitat scale, algae may act as thermal buffers for associated communities, but this has been rarely quantified. With this in mind, this study focuses on establishing the role of algae as a refuge, as well as quantifying the thermal variations between different intertidal microhabitats. Overall, 144 temperature data loggers were installed in three regions along the Portuguese west coast, on a total of six sites. Temperature was registered every hour within eight different microhabitats, each one with three pairs of loggers (one logger under algae and one on bare rock). Data on the diversity of associated fauna and flora was also obtained during in situ fieldwork. The results showed greater temperature variability in the upper intertidal exposed to the sun, especially during the summer. Latitudinally, daily maximum temperature increases towards the south and, on the other hand, temperature difference within pairs decreases. There was also inter-annual variation, with the summer of 2023 recording a lower maximum temperature than the summer of 2022 in the northern region. All algae presented a significant effect on temperature measurements, especially Ascophyllum nodosum. During summer, their buffer effect varied between 32,20% to 69,37% in top levels and 3,90% to 25,20% in low level. Regarding the biodiversity of each region, the north presented the lowest species richness among all, in contrast, presented a higher volume of algae cover on the upper intertidal. Despite the difficulty in maintaining loggers covered with algae along the year in situ dataloggers proved to be essential to provide precise and continuous monitoring of temperature in complex habitats, such as intertidal rocky shores. Moreover, understanding how certain species tend to ameliorate the effects of increasing warming conditions is very important to carry out conservation measures, to evaluate the effect of future heat waves or to predict future latitudinal transitions in coastal communities.
- Passive acoustic detection of delphinid vocalizations in a marine protected area – Potential advantages and limitationsPublication . Bastos, Clarisse Cardeira; Santos, Manuel EduardoA área marinha protegida (AMP) Parque Marinho Professor Luiz Saldanha (PMPLS) está estrategicamente posicionada num dos hotspots de biodiversidade mais importante do país. A AMP já mostrou resultados positivos na comunidade de peixes, contudo os efeitos em predadores de topo foram pouco estudados até ao momento. Desde sentinelas, a espécies-chave e guarda-chuva, os cetáceos desempenham um papel ecológico de extrema importância nos ecossistemas marinhos. Este estudo fornece uma avaliação da acústica passiva (PAM) para a deteção de delfinídeos numa AMP, o PMPLS. Foram colocados três data loggers equipados com hidrofones feitos à medida, a gravar continuamente durante um período de 50 dias em três zonas de proteção (total, parcial, e complementar). As gravações acústicas foram processadas no software PAMGuard. Os assobios de delfinídeos foram identificados com o módulo “whistle and moan detector” (WMD), e, posteriormente, classificados ao nível da espécie com o módulo “Real-time Odontocete Call Classification Algorithm” (ROCCA). O sistema detetou assobios de golfinhos-comuns (Delphinus delphis), golfinhos de Risso (Grampus griseus), baleias piloto de barbatana longa (Globicephala melas), golfinhos de bico branco (Lagenorhynchus albirostris), e golfinhos-roazes (Tursiops truncatus) (incluindo os assobios assinatura CM, CA4, HP e CE da população residente do estuário do Sado). No entanto, todas as deteções do golfinho de bico branco, que não ocorre nas águas portuguesas, foram consideradas falsos positivos e excluídas da análise estatística. Analisou-se o número de ocorrências por espécie em função da zona de proteção, o número de ocorrências totais em função da altura do dia (período diurno ou noturno) na primavera e no verão, a riqueza específica em função das zonas de proteção e o número total de assobios por espécie em função do nível de proteção. O número total de assobios foi o único parámetro que mostrou diferenças significativas para os diferentes níveis de proteção, com um aumento significativo na quantidade de assobios com o aumento do nível de proteção para o golfinho-comum e para o golfinho-roaz. Estas diferenças foram interpretadas como uma resposta adaptativa ao nível de perturbação antropogénica do ambiente, com o aumento de atividades de socialização e alimentação na zona de proteção total, provavelmnente relacionadas com um maior número de assobios. No entanto, na nossa análise, registámos um elevado número de falsas detecções, o que pode ser resultado do ruído de fundo e do facto de não termos calculado as encounter statistics no ROCCA.